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南京农业大学2021在全国本科院校排名第60位，强于第61名的中国海洋大学，第62名的陕西师范大学，第63名的哈尔滨工程大学，第64名的中国矿业大学，第65名的华南师范大学。在江苏排第9名，强于第10名的中国矿业大学，第11名的扬州大学，第12名的江苏大学，第13名的南京工业大学，第14名的南京邮电大学。

综合实力排名（校友会版）

南京农业大学2021在全国本科院校排名第41位，强于第42名的华中农业大学，第42名的中国海洋大学，第42名的苏州大学，第45名的西北大学，第46名的南京航空航天大学。在江苏排第5名，强于第7名的苏州大学，第8名的南京航空航天大学，第9名的扬州大学，第10名的中国矿业大学，第11名的江南大学。

综合实力排名（软科版）

南京农业大学2021在全国本科院校排名第52位，强于第53名的郑州大学，第54名的北京邮电大学，第55名的武汉理工大学，第56名的中国海洋大学，第57名的暨南大学。在江苏排第7名，强于第8名的河海大学，第9名的中国矿业大学，第10名的江南大学，第11名的江苏大学，第12名的扬州大学。